V těhotenství by se lékaři měli řídit při výběru antibiotika citlivostí daného patogenu. Za bezpečná antibiotika první volby jsou považovány cefalosporiny (cefuroxim), penicilinová antibiotika (ampicilin) a makrolidy (azitromycin, klaritromycin), u močových infekcí lze nasadit trimethoprim a furantoin.