K léčbě boreliózy u psů se používají různá antibiotika po dobu přibližně čtyř týdnů. Často dochází k zřetelnému zlepšení příznaků krátce po zahájení léčby. Bakterie borélie však často nejsou zcela odstraněny.
Spočívá hlavně v podávání antibiotik po dobu minimálně dva týdny a také v symptomatické léčbě dle příznaků. V boji proti Lymské borelióze hraje významnou úlohu zejména prevence.