K léčbě boreliózy u psů se používají různá antibiotika po dobu přibližně čtyř týdnů. Často dochází k zřetelnému zlepšení příznaků krátce po zahájení léčby. Bakterie borélie však často nejsou zcela odstraněny. Pokud je borelióza již chronická, léčba často není úspěšná nebo dochází k recidivám.