Cílem léčby chronické myeloidní leukémie je zničit krevní buňky obsahující abnormální gen BCR-ABL, který vede k jejich nekontrolovanému množení. U většiny pacientů není možné eliminovat všechny tyto postižené buňky, ale jejich počet lze výrazně snížit a dosáhnout dlouhodobé remise.
Po selhání druhé linie lze u nízko a středně rizikových pacientů podat třetí TKI, u vysoce rizikových je indikována transplantace krvetvorných kmenových buněk. Pokud není možné provést transplantaci, podává se interferon–alfa. U pacientů diagnostikovaných v akcelerované a blastické fázi je podán TKI (většinou 2.