V Protonovém centru jsou léčeni pacienti s širokým spektrem diagnóz. Nejčastěji se zde léčí pacienti s diagnózou rakoviny prostaty, rakoviny prsu, nádory u dětí, nádory hlavy a krku, nádoru mozku a centrální nervové soustavy, nádory plic, vybranými nádory zažívacího traktu, maligními lymfomy a nádory jater.